1、滅菌時間不同
低溫等離子滅菌器每次滅菌只需要25-55分鐘即可，而環氧乙烷滅菌器則需6-8個小時。這種滅菌時間對于醫院來說，時間短無疑更有優勢。但是，低溫等離子滅菌器的滅菌效果卻不如環氧乙烷滅菌器che底，因此環氧乙烷滅菌器廣泛應用于醫用口罩、防護服等滅菌，而低溫等離子滅菌器則更加適用于消毒供應中心。
2、滅菌方式不同
低溫等離子滅菌器采用的是*溶液和等離子體結合從而達到一個滅菌的效果。而環氧乙烷滅菌器則是采用真空低溫環境下的環氧乙烷氣體，去抑制微生物的生長，從而達到滅菌效果。值得一提的是，環氧乙烷滅菌器不能對油、粉劑以及液體進行滅菌之外，其他的物品都是可以采用這種方法滅菌的。例如各類腔鏡、棉紡類、硅膠類、橡膠類等。
3、穿透性的區別
環氧乙烷有著非常好的穿透性，而*的穿透性不是很好。因為滅菌劑有著不一樣的穿透性，所以對于需要滅菌的物品結構以及包裝的材料都會有不一樣的要求，也就是說在選擇滅菌方法的時候一定要把滅菌劑的穿透性考慮進去。
4、滅菌溫度不同
環氧乙烷滅菌一般會有兩種滅菌的溫度，分別為37攝氏度和55攝氏度，對于耐溫性不足50攝氏度的物品來說，就不能使用環氧乙烷滅菌。而*等離子體滅菌只有一種滅菌溫度，那就是50攝氏度。
